Foi essencialmente durante o seu segundo mandato que Jorge Sampaio adoptou um carácter mais interventivo, fazendo uso dos seus poderes enquanto Chefe de Estado.
Sampaio recusou o envio de forças militares portuguesas para o Iraque, impediu a convocação de um referendo sobre a despenalização do aborto, dissolveu o Parlamento por duas vezes (em 2001 e 2004), demitiu o governo de Santana Lopes (em Dezembro de 2004), e vetou várias matérias parlamentares.
Em 10 anos, Sampaio usou o poder de veto político 75 vezes, e só nos últimos cinco anos em Belém o Chefe de Estado devolveu 63 diplomas.
Segundo a Constituição, compete ao Presidente da República “praticar todos os actos necessários à realização dos objectivos da promoção e garantia do direito de Timor Leste à autodeterminação e independência”, e foi nesta questão que Sampaio se destacou no primeiro mandato.
Numa entrevista à CNN, o Chefe de Estado alertou o mundo para o drama vivido pelo povo timorense sob a ocupação indonésia. A sua intervenção teve impacto na atribuição do Prémio Nobel da Paz a Ramos Horta e D. Ximenes Belo, em 1996. Sampaio exerceu também um papel de intermediário junto de Kofi Annan para a resolução do problema da ocupação de Timor.
Estando nas mãos do Presidente da República o comando supremo das Forças Armadas, tem poder para nomear e exonerar, sob proposta do Governo, o Chefe do Estado-Maior General das Forças Armadas e os Chefes de Estado-Maior dos três ramos das Forças Armadas.
Em 1998, Sampaio exonerou o almirante Fuzeta da Ponte da chefia do Estado-Maior General das Forças Armadas. Cinco anos depois, a oposição do Presidente da República ao envio das tropas portuguesas para solo iraquiano – como era intenção do Governo – revelou a importância das implicações práticas do Chefe de Estado enquanto Comandante Supremo das Forças Armadas, tido por muitos como um cargo simbólico.
